Аниме является адаптацией популярной манги Масаси Кисимото и переносит зрителей в мир скрытых деревень, где кланы ниндзя используют уникальные боевые техники, заключают союзы и вступают в конфликты из-за контроля над ресурсами и влиянием. Главный герой — Наруто Узумаки, подросток, который с детства живёт в деревне Коноха, но все его обитатели избегают его, не общаются и относятся с недоверием.
